Pero hubo una misión guerrillera en la que se destacó, por lo notoria. Como director de la prisión de la fortaleza de La Cabaña en los meses siguientes a la toma del poder por Castro, se convirtió en el verdugo de la revolución. ¿Cuántos “enemigos de la revolución” enfrentaron el paredon de fusilamiento en los primeros seis meses de 1959? El número oscila entre160y más de 500.Esta tarea le ganó el apodo de “El Carnicero deLa Cabaña.”

En los primeros años de la revolución cubana, Guevara se desempeñó como director de la prisión, ministro de Industria y - irónicamente par un militante que una vez instó a"las masas en lucha" para robar bancos - como presidentedel Banco Nacional de Cuba,durante los cuales el emitió billetes de banco firmados "Che". Guevara fue uno de los arquitectos del estado policial totalitario cubano. - Liz Balmaseda, Who was Che Guevara?,Palm Beach Post, June 18, 2008
Che, el carnicero de La Cabaña, declaro que “en La Cabaña todas las ejecuciones son llevadas a cabo bajo mis expresas ordenes.”