En las convulsas últimas décadas del S.XV Pedro Fajardo manejó la política murciana, en cuyo concejo fue reconocido como regidor y sometió a la nobleza local por medio de una estrategia de alianzas políticas y matrimoniales, habiendo incorporado a los Dávalos, Calvillo, Ayala, Soto, Cascales, entre otros a su corte de vasallos. Los pueblos del adelantamiento se hallaban alejados de la corte castellana, y, ademas, el extenso marquesado de Villena los aislaba y distanciaba del resto de Castilla, en tales circunstancias y sin contestación política interior fueron organizando su estructura de dominio.
Gobierno
El marqués de los Vélez dispuso de una administración señorial propia para el gobierno de las villas de su Estado.
Según la descripción del libro Becerro de la casa y estado de los Vélez, el oficio más importante era el de Gobernador general, que, en su calidad de letrado, actuaba también de Juez de apelaciones. El Gobernador sustituía al marqués durante sus ausencias. Estaba ayudado de un asistente de pluma llamado Oficial mayor de la Gobernación. En 1635 ocupan estos cargos Bernardino del Castillo y el presbítero Ginés de Mena. El Gobernador dirige el «despacho de la gobernación», donde dispone de la documentación necesaria para el nombramiento de los oficios dependientes del marquesado.
La jurisdicción se plasmó en una administración señorial sobre las villas del marquesado, una estructura paralela y superpuesta a la administración concejil. El marqués de los Vélez dispone, en cada una de sus villas, de una serie de oficiales a su servicio, encabezados por el Alcalde mayor. En 1635 el libro Becerro describe tres Alcaldías Mayores para el Estado: la de Vélez en el Reino de Granada, y las de Mula-Molina y Alhama-Librilla en el Reino de Murcia. El Alcalde mayor podía ejercer también el cargo de Juez de residencia. En 1661 se crea la Alcaldía Mayor de Cuevas.
El marqués nombraba además una serie de oficiales a su servicio: alguacil mayor, escribanos públicos, merinos, sobreguardas, oficiales del concejo y ministros de justicia. El cargo y el número específico de estos oficiales se adaptaba a la realidad de cada villa.
Una de las principales facultades del marqués de los Vélez era el nombramiento del concejo. Esta prerrogativa era fundamental para el control de la vida cotidiana de las villas y la defensa de sus privilegios y rentas. En las localidades más pequeñas el marqués de los Vélez elegía el concejo directamente, sin impedimento alguno; pero en las mayores los vecinos le plantearon a menudo pleitos para poder intervenir en la elección, siendo habitual que el concejo saliente nombrara al entrante.
El concejo se componía de alcaldes y regidores, siendo el número de estos últimos variable. En Vélez Blanco se especifica que los dos alcaldes debían ser uno representante de los vecinos naturales u originarios, y el otro de nuevos pobladores, es decir , de los vecinos establecidos después de la sublevación de los moriscos granadinos. En Mula, en cambio, los grupos representados lo eran por su condición social, distinguiendo un alcalde de los hijosdalgo y otro de los llanos.
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