Como disse em cima o "c" só desaparece se não for pronunciado, pelo que em Portugal continua a ser "facto".
O acordo vai mais no sentido da alteração que aconteceu em castelhano entre "x" e "j" (Ximenez->Jimenez, Quixote->Quijote, etc). Ou seja, altera a grafia para se aproximar do que é dito.
Em português existem muitos "c"'s que ao contrário do castelhano não são pronunciados: "actor" lê-se "aktór" em castelhano, mas apesar de se escrever da mesma forma lê-se "atôr" em português. Neste caso deixa-se de se escrever "actor" e passa-se a escrever "ator".
Outro bom exemplo é "estrutura", que já se escreve assim em português hoje em dia (em castelhano é "estructura").
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