Em 1616, sob governo do segundo rei espanhol Felipe III (D. Felipe II em Portugal) criou-se uma bandeira para Portugal, pois as elites portuguesas tentavam obter mais autonomia frente à coroa espanhola, especialmente a respeito da administração colonial do Brasil. Manteve-se esta bandeira em todos os territórios portugueses até o fim da União Ibérica (1640).
http://www.brasilimperial.org.br/bandsbr.htm