Tras la ofensiva de Alfonso VI en 1085, en la que toma Toledo, Guadalajara y todo el valle del Henares, Molina permanece aún cuatro décadas en poder musulmán, aunque sus reyes pagan tributo a Castilla. Hacia 1129, el rey de Aragón, Alfonso I El Batallador, conquista definitivamente los territorios del alto Jalón, con Medinaceli y Sigüenza, y el enclave de Molina.
No permanece mucho tiempo esta tierra bajo dominio aragonés, pues lo cede el Rey a su esposa, doña Urraca de Castilla, y de ella pasa a su hijo, Alfonso VII, quien lo otorga a su vez a uno de sus nobles, don Manrique de Lara.
Bajo dominio de don Manrique, el señorío de Molina adquiere enorme importancia y llega a convertirse durante dos largos siglos en un pequeño estado propio, que sólo nominalmente rinde vasallaje a Castilla. También reconstruyó el antiguo castillo árabe, fortificó la villa y mando edificar numerosas iglesias.
Modélico es el fuero que, en 1154, otorga don Manrique a la villa; y gracias a él, las antiguas tierras despobladas registran una enorme afluencia de gentes llegadas de muy diversos lugares, que convierten el señorío, ahora con un liberal gobierno comunero, en uno de los más prósperos de la región. Algunas peculiaridades de aquel Común de Villa y Tierra han llegado, como tradición, hasta nuestros días, como es el caso de la Comunidad del Real Señorío de Molina y su Tierra y también la Cofradía Orden Militar de Nuestra Señora del Carmen.
La independencia del señorío llegó a su fin a finales del siglo XIII, cuando la última señora, doña María de Molina, casó con Sancho IV de Castilla.
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