Sin embargo tanto su aporte como el de Francisco Bauzá - que analizaremos a continuación - no lograron generar un real interés por la obra de los jesuitas y el pueblo misionero. Ayuda a comprender esta situación factores como las fuertes controversias filosófico- religiosas, que incluían también inocultables motivaciones políticas, características de esas últimas décadas del siglo y que vieron enrolarse en la causa anticlerical a la mayor parte de la intelectualidad montevideana. En ese contexto toda posible reivindicación de la obra de los jesuitas en sus misiones suponía fortalecer las posiciones del enemigo.
También el generalizado rechazo a la herencia hispánica que predominó en la mayor parte de esa intelectualidad bloqueó el interés por los tiempos coloniales pues era la “herencia maldita” que se deseaba eliminar.
Otro factor que también incidió para el desinterés por las misiones y los misioneros fue el despertar, por entonces, de un nacionalismo “uruguayo” – no el “oriental” que ya existía - que no pocos escritores y artistas pretendieron fundar en los tiempos indígenas. La compleja historia del territorio de la Banda Oriental que a partir de la Revolución se transformó en Provincia Oriental y que, finalmente, devino en el nacimiento del Estado Oriental y su no menos conflictiva vida posterior - teniendo como países limítrofes al expansivo Imperio del Brasil y la convulsionada República Argentina - estimuló un temprano movimiento intelectual nacionalista que buscaba legitimar el nacimiento del país a partir de una diferenciación absoluta con los países vecinos y, para ello, se remontaban a los tiempos precolombinos. Se pretendía señalar que ya en aquellas remotas épocas se perfilaban la existencia del Uruguay y la singularidad de la futura “nación uruguaya”. Surgió así lo que denominamos “nacionalismo charruísta”, el que impuso una visión que sostenía que los charrúas fue un pueblo indígena que habitó exactamente el mismo territorio de la República Oriental, por lo tanto el charrúa se transformó en “el indio uruguayo”. De esa posición fueron tributarios tanto artistas –caso, como ejemplos, del pintor Juan Manuel Blanes, sus hijos y el poeta Juan Zorrilla de San Martín con su conocido “Tabaré” (12) - como diversos escritores que sin ser propiamente historiadores escribieron obras destinadas a la enseñanza procurando inculcar un fuerte nacionalismo a través la denominada Historia Patria. Es el caso, por ejemplo de la obra de Florencio Escardó “Reseña histórica, estadística y descriptiva con Tradiciones Orales de las Repúblicas Argentina y Oriental del Uruguay desde el descubrimiento del Río de la Plata hasta el año 1876” (13). También en esa misma línea nacionalista pero con mejores aportes superiores en el campo historiográfico debe citarse a Isidoro de María quien en varios de sus numerosos trabajos dio a conocer algunos documentos vinculados a las Misiones y los indígenas misioneros (14). Escritores como Domingo Ordoñana que trataron de cuestionar algunos de esos mitos en formación y reivindicar la obra de la evangelización y los misioneros, no tuvieron éxito (15).
Pero sin duda, la obra que se destaca en ese período como fruto de un historiador realmente de enjundia fue “Historia de la Dominación Española en el Uruguay” de Francisco Bauzá (16) cuya primer edición vio la luz en Montevideo entre 1880 a 1882. Su autor superó en erudición y vuelo interpretativo a todos los autores precedentes y aún hoy su clásica obra constituye una provechosa lectura. En ella hay una atención importante por la historia de las misiones y sus fuertes vínculos con la evolución del territorio nacional a lo largo de todo el ciclo colonial, pero al mismo tiempo Bauzá pagó tributo a ese nacionalismo indigenista que hemos apuntado y quedó atrapado en ese error al insistir que “la patria charrúa” es el directo antecedente de la “patria uruguaya”. Aún así el esfuerzo intelectual realizado por Bauzá y el aporte documental que presentó es digno de todo elogio.
De la fuerza que esa visión de nacionalismo charruísta tuvo desde entonces en muchos de los historiadores o escritores sobre el pasado del país es ilustrativa esta situación. Prácticamente toda la toponimia de origen indígena que describe el actual territorio de la República Oriental se basa en vocablos de origen guaraní, comenzando por el nombre del propio país. Esto era un difícil obstáculo a salvar por los nacionalistas charruístas pues habría la puerta para que se pudiera hipotizar que en algún momento los guaraníes habían poblado dicho territorio. Rápidamente clausuraron esa posibilidad afirmando que no fue que los guaraníes habitaron este territorio, sino que los charrúas hablaban guaraní ... por lo tanto la toponimia había sido también impuesta por los charrúas y no por los guaraní-misioneros.
Un aporte no estrictamente historiográfico pero sí de singular valor para el estudio de la cultura rioplatense y de las raíces guaraníes de la misma estuvo dado por la obra del español Daniel Granada. Se trataba de un extranjero que si bien tenía sus prejuicios no necesariamente eran los mismos que poseían la mayor parte de las elites ilustradas existentes en los principales centros urbanos del Plata, en las cuales obraban motivaciones claras de carácter político para desinteresarse por ciertos estudios. Despreciaban a las masas rurales, “la barbarie” como la llamaban, porque durante décadas habían tenido la osadía de cuestionarles el control político de estos países nacientes. Daniel Granada, pionero de los estudios folklóricos en estas tierras, dejó dos obras importantes editadas en Montevideo. En 1889 vio la luz el “Vocabulario rioplatense razonado” (17) y en 1897 la “Reseña histórico-descriptiva de antiguas y modernas supersticiones del Río de la Plata” (18). La obra de Granada, realizada como resultado de un contacto estrecho con los sectores populares, especialmente durante su prolongada residencia en la población de Salto, puso en evidencia y realzó los múltiples aspectos heredados de la cultura guaraní-misionera
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