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Se trata del arrano beltza, fue bandera de Navarra antes de que ese reino adoptase las cadenas que se utilizan hoy día, tras las batalla de las Navas de Tolosa.
Los batasunos la usan porque consideran que el reino de Navarra de entonces es un precedente de su imaginaria Euskal Herria unida políticamente. En realidad, siendo fieles a la historia, bajo esa bandera bandera gobernó el rey Sancho que se llamaba a si mismo "rex Hispanorum regum".
Te recomiendo este artículo para saber más:
http://hispanismo.org/showthread.php?t=138
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