Anni di svolta (1962-l969)
Secondo la prassi Mons. Lefebvre, al suo ritorno in Francia avrebbe avuto diritto alla nomina a capo di una grande diocesi. Ma i vescovi francesi, già ampiamente inquinati di spirito liberale, gli erano ostili e fu così posto a capo della piccola diocesi di Tulle. Pur avendo il titolo personale di Arcivescovo, fu escluso dall'assemblea dei cardinali e degli arcivescovi francesi. Uno dei motivi dell'opposizione a Monsignore da parte dei suoi confratelli, fu l'appoggio che Mons. Lefebvre dava al movimento della Citè Catolique, fondato nel 1939 dal Padre Choulot con lo scopo di diffondere la dottrina sociale della Chiesa e di combattere per líinstaurazione della Regalità Sociale di Nostro Signore Gesù Cristo. Nel 1959 fu pubblicato il libro fondamentale della associazione, Pour quíIl regnedi Jean Ousset, con la prefazione di Mons. Lefebvre e di Mons. Marmotin, Arcivescovo di Reims, all'edizione francese; di Mons. Morcillo, Vescovo di Saragozza, e di Mons. Gurpide, Vescovo di Bilbao all'edizione spagnola. Scriveva Monsignore: "Oggi è la vera filosofia che più manca. Se seguendo i consigli di tutti i Papi dell'ultimo secolo, il clero e gli stessi laici si sforzassere di conoscere la vera filosofia tomista, i veri principi dell'etica e della sociologia, non si farebbe più appello nelle costituzioni ai sacrosanti principi dell' '89, che rovinano le nozioni fondamentali del diritto e della giustizia, non riconoscendo la legge divina che determina il bene e il male".
Mons. Lefebvre rimase a Tulle per pochi mesi, sufficienti però a dare nuovo, anche se temporaneo, slancio ad una diocesi in decadenza. Fu infatti eletto per dodici anni Superiore
Generale dei Padri dello Spirito Santo, ottenendo ben più dei due terzi richiesti nella votazione. Si trattava della più importante congregazione missionaria della Chiesa che contava allora 5300 religiosi e 914 residenze in 53 paesi. Come Superiore Generale Monsignore parteciperà al Concilio Vaticano II dopo aver fatto parte della sua Commissione preparatoria, chiamatovi da Giovanni XXIII, che l'aveva anche nominato Assistente al Soglio Pontificio, in segno di particolare benevolenza.
Al Concilio Monsignore sarà uno dei principali animatori del Coetus internationalis Patrum, che raggruppò circa 250 padri conciliari che tentarono di opporsi alla marea liberale. Tra di essi i Vescovi Carli, de Castro Mayer, de Proenca Sigaud. I cardinali Santos, Ruffini, Siri, Larraona, Ottaviani, Browne appoggiavano il Coetus pur non volendo farne parte ufficialmente. Il cugino di Monsignore, il Cardinale Joseph Lefebvre gli disse che i vescovi francesi non gli avrebbero mai perdonato il suo comportarnento al Concilio. Eppure Monsignore condusse un opposizione chiara ma non preconcetta. A differenza di Mons. de Castro Mayer che non sottoscrisse alcuno dei documenti conciliari, Mons. Lefebvre votò contro la Dignitatis Humanae e la Gaudium et Spes, mavotò a favore, ingannato come tanti, della costituzione sulla liturgia. Essa prevedeva la conservazione del latino: Monsignore restò fedele al documento, tradito dal massone Bugnini con la copertura di Paolo VI.
L'Abbé Berto, suo teologo personale al Concilio, ha ricordato la profonda dottrina teologica di Monsignore: "Mons. Lefebvre è un teologo, e di molto superiore al suo teologo - volesse Dio che tutti i Padri lo fossero al suo stesso grado!- Egli ha un habitus teologico perfettamente sicuro e affinato...Non assomiglia in niente a quei Padri che, come uno di loro ha avuto la sfrontatezza di vantarsi pubblicamente, nella vettura che li portava a S. Pietro, prendevano dalle mani di unperitus il testo già fatto del loro intervento in aula. Neppure una volta sola gli ho sottoposto una memoria, una nota, un canovaccio, senza che li abbia rivisti, rovesciati, riesaminati e qualche volta rifatti da cima a fondo con un assiduo lavoro personale".
Anche le sue lettere pastorali da Dakar e le sue circolari come Superiore degli Spiritani erano scritte interamente di sua mano. Oggi raccolte in volume, esse potrebbero servire da modello a qualunque pastore che volesse adempiere pienamente alla sua missione. Ecco i titoli di alcuni di questi scritti: Lo spirito sacerdotale; La carità sacerdotale; Vivere secondo la verità; La necessità della preghiera; Fedeltà alla vita religiosa; Líautorità; Il laicismo; Il comunismo ateo e materialista; Per restare buon cattolico occorrerà divenire protestante?; Maria madre della Chiesa; Il sacerdote e nostro Signore Gesù Cristo; Líumiltà. Uno degli ultimi scritti quale Superiore Generale degli Spiritani ha il titolo significativo Esto Fidelis.
Nel 1965 il Padre Lecuyer accusa Mons. Lefebvre di autoritarisrno in un dossier fatto pervenire al Papa. Líaccusatore si discredita da solo facendosi partigiano del matrimonio dei preti e nel 1966 la S. Sede fa giustizia delle accuse portate contro Mons. Lefebvre. Ma líanno successivo il Papa Paolo VI decide che anche i Padri dello Spirito Santo devono "aggiornarsi". Monsignore prepara una riforma delle costituzioni intesa nel senso che sempre si è dato a questa parola: osservanza più stretta delle regole. In realtà si vuole imporre la rivoluzione e la collegialità; non volendo accettarle Monsignore rassegna le dimissioni sei anni prima della fine del suo mandato. A 63 anni sembra che la sua carriera ecclesiastica sia finita.
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