Está claro que la frase así sacada de contexto puede llevar a pensar que no está diciendo ninguna barbaridad. En este caso se refería a la conciencia de los no creyentes. Aquí pongo la noticia:

Francisco: "Dios perdona a quien obedece a su propia conciencia" :: Vaticano :: Religión Digital

"No se puede hablar de verdad absoluta". ¿No dijo Jesus que Él traía la Verdad?, ¿qué era la Verdad? Jesús es Dios. Entonces si no hay verdad absoluta, no hay Dios absoluto, así que Dios es un concepto relativo, lo cual equivale a que no hay ningún Dios. Dios es uno y todopoderoso, Él es la Verdad y la trae a nosotros a través de la persona de Jesucristo ; Él no se puede equivocar, y quién pone en entredicho que haya verdad absoluta pone a Dios en entredicho. Primera herejía.

"Dios perdona a quien obedece a su propia conciencia". ¿A caso la consciencia no es la voz de Dios que dicta en nuestro interior dónde está el Bien y dónde el Mal? Si Dios puede tener que perdonar a quién siga su consciencia, significa que su consciencia (o sea, Dios), le haya dictado algo malo. Es decir, que Dios puede hacer el Mal. Segunda herejía.Es

Esto son mis interpretaciones sobre las declaraciones del Papa. Seguramente esté equivocado o no, no lo sé...¡VIVA

¡VIVA ESPAÑA! ¡VIVA CRISTO REY! ¡VIVA LA HISPANIDAD!